日本腦炎盛行於亞洲，致病原是屬於「黃病毒科」的RNA病毒，主要在豬隻體內繁殖，經由病媒蚊叮咬而傳播給人類。台灣的病媒蚊為三斑家蚊與環紋家蚊，大多孳生於水稻田、池塘及灌溉溝渠等處，喜歡於黃昏及黎明時在屋外活動、吸血。
台灣日本腦炎的流行季節在每年5至10月，病例高峰出現於6、7月。患者大多無症狀，少部分會有頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者還會出現急性腦炎、精神、神經性後遺症，神經學後遺症的比率高達30-50%，更有3-30%的人可能死亡。
自1955年起，台灣便將日本腦炎列為通報傳染病，1968年開始全面接種疫苗預防。近年來，由於疫苗的常規接種，台灣的兒童病例已顯著減少，都市化的生活環境也使自然感染率下降，但每年仍有約20至30名確定病例，今年截至目前共有19例日本腦炎確定病例（新北市2例），其中以40歲以上成人居多。
接種疫苗是預防日本腦炎最有效的方法。傳統的日本腦炎疫苗使用「中山株」病毒，在鼠腦組織中培養製成，為非活性疫苗。因為鼠腦疫苗接種後的不良反應較多、製造程序未標準化、且需要接種較多劑，所以近年來陸續發展出新型日本腦炎疫苗，包括活性減毒嵌合型疫苗（如巴斯德公司的細胞型日本腦炎活性減毒疫苗IMOJEV）、以Vero細胞培養的非活性疫苗（如國光生技公司的嘉沃日本腦炎疫苗JEVAL）等。
疾病管制署自106年5月22日起，便以新型細胞培養製程的「活性減毒疫苗IMOJEV」取代鼠腦疫苗，提供幼兒公費施打。這種新型疫苗是以黃熱病病毒為載體，外表為日本腦炎病毒的兩種中和性抗原，不含免疫佐劑，且免疫效果優於鼠腦疫苗。年滿15個月大的幼兒接種第一劑，間隔12個月後接種第二劑，其後不必再追加疫苗，相較於傳統的日本腦炎疫苗，可以少挨兩針。成人也可自費接種一劑疫苗，不必再追加。
不過，如果小朋友曾接種過傳統鼠腦疫苗，則需注意銜接方式：
1、曾經接種1劑鼠腦疫苗者：視為未曾接種日本腦炎疫苗。與鼠腦疫苗接種日間隔14天以上，先接種第一劑IMOJEV，間隔12個月後再追加一劑，其後不必追加疫苗。
2、曾經接種2劑鼠腦疫苗者：與最後一劑鼠腦疫苗接種日間隔至少12個月，再接種一劑IMOJEV，其後不必追加疫苗。
3、曾經接種3劑鼠腦疫苗者：與最後一劑鼠腦疫苗接種日間隔至少12個月、且滿五歲後追加接種一劑IMOJEV，其後不必追加疫苗。
接種新型日本腦炎疫苗後，可能出現注射部位疼痛、紅腫；少數人可能於接種後3-7天出現輕微或中度的全身無力、肌肉痛、易怒、食慾不振、發燒、頭痛等症狀，通常會在兩三天內恢復。至於嚴重過敏、昏睡或痙攣等症狀，則極為罕見。
由於新疫苗為活性減毒疫苗，所以除了對疫苗成分曾有嚴重過敏反應者不能接種外，包括先天或後天免疫不全者、接受化學治療、使用超過14天高劑量全身性皮質類固醇者、感染人類免疫缺乏病毒（HIV）有免疫功能缺損者、孕婦及哺乳母親等，也都不能接種此疫苗，而應改接種非活性疫苗如JEVAL。
若是發燒或正患有急性中重度疾病者，宜待病情穩定後再接種；而使用高劑量全身性皮質類固醇超過14天者，則可於停藥28天後再接種疫苗。
所有的非活性疫苗皆可與本疫苗同時接種於不同部位，或是分開接種、間隔時間不限；至於麻疹、腮腺炎、德國麻疹、水痘、黃熱病等活性減毒疫苗，也可與此疫苗同時接種於不同部位，或間隔28天以上再接種。此外，育齡婦女在接種後四週內宜避免懷孕；而曾輸血或注射含免疫球蛋白製劑者，需間隔一段時間後才能接種，以免影響效果。 |
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